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您好，根据国家相关规定，供货方开票应当按100万开具发票，原因是由于发票金额将作为销售方纳税依据，发票金额应当与实际结算金额一致。如果发票金额和实际结算金额不一致，会对企业的财务报告造成误导。 此外，供货方也可以与销售方另行签订补充协议，协议中可以明确约定向供货方返工检修费5万，以解决发票金额与实付金额不一致的问题。 拓展知识：《中华人民共和国发票管理条例》规定，发票金额应当与实际结算金额相符，如果发票金额与实际结算金额不一致，在发票使用过程中，发票使用人必须提交其他证明，以证实结算金额。