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根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第三十六条规定，增值税专用发票工程款不能抵扣材料款。这是由于增值税专用发票作为税收结算的凭证，只能用于证明纳税人应纳税款额，而材料款不属于增值税范畴，所以不能用增值税专用发票工程款抵扣。 拓展知识：根据国家规定，增值税专用发票还可以用于抵扣汽车购置税，增值税进口现金抵扣，增值税减免税，以及企业所得税等税收结算。