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企业自查补交增值税会计科目处理,一般按照以下步骤来处理: 1. 补交增值税应缴税款：在税务机关收取补交增值税应缴税款时，企业应当凭增值税申报表中未纳税额，缴纳补交增值税应缴税款。 2. 会计处理：以补交增值税的实际缴税金额凭增值税申报表未纳税额为基础，在应交税费科目下记录补交增值税应缴税款，同时在增值税销售额减征额科目下记录未纳税额。 3. 申报：按税收征收管理法规，准确填报各期申报表，并及时报税务机关审核备案。