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您好，农民合作社开的普通发票，一般情况下，给一般纳税人之后，是不可以抵扣增值税的。因为农民合作社是从农民外收购上来的农产品，对于贵社来说，农民给贵社的产品是免税的，贵社是一般纳税人的话，可以根据农民到税务局代开的发票，抵扣增值税，如果贵社再卖出去，还是免税的，或者按11%交增值税的，那么开出去的普通发票，对于一般纳税人来说，就不能抵扣增值税了。