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事业单位专项款的记账科目主要有“专用基金收入”、“专用基金支出”、“专用基金本币替代外币”等项目。 具体来说，针对专用基金收入，当单位收到的专项款来源于中央或者地方政府时，可以在“一般公共预算收入”科目下记账；当收到的专项款来源于外部社会资本时，则可以在“政府经费收入”科目下记账；同时，当收到的专项款有外币组成时，仍可以在以上两项科目下记账，但需要记录本币和外币的汇率差额，记入“专用基金本币替代外币”科目下。 对于专用基金支出，单位可以按照“公共支出”、“其他支出”等科目，根据实际的资金使用情况来把要支付的费用分类记账。当专用基金的支出有外币组成时，仍可以在以上两项科目下记账，但需要记录本币和外币的汇率差额，记入“专用基金本币替代外币”科目下。 以上就是事业单位专项款的记账科目，确保单位能够准确、精确的记账和使用，将单位的专项款利用起来，发挥最大的社会效益。