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中小企业纳税自查方法有： 一、落实重要税收记账：严格遵守税收会计准则，细致的记录每一笔收入支出，把握税收收入和支出的账务清晰明确； 二、重视时间：建立良好的税收管理制度，掌握税收缴纳及所得税申报时间表，合理安排税收申报时间； 三、把握准确税种：熟悉常见的税种，把握准确的税种； 四、做好完整记录：有效的记录收入、支出、税收相关文件，充分保存有效凭证，以备税务审计用； 五、注意收入结构：合理的管控企业的税收负担，减少负税收，平衡负税收和正税收，全面把握税收收入结构。 拓展知识：中小企业纳税自查还要注意企业勾稽关系，勾稽关系指在不同企业之间，一方企业与另一方企业有融资、关联交易、委托代理等活动，所以要注意从业务上合理控制勾稽关系，有效防范税收风险。