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综合所得年度汇算清缴的办理方式包括网上汇算清缴、自行汇算清缴和专管税务机关代收代缴汇算清缴三种方式。其中，网上汇算清缴是指，纳税人通过金税盘等纳税专用工具，在网上登录申报系统，自行完成汇算清缴。自行汇算清缴指的是，纳税人按照税务机关的要求，填写报表，通过邮寄或者交到税务机关办税大厅办理汇算清缴；专管税务机关代收代缴汇算清缴，指的是纳税人将汇算清缴款项交到有收缴资质的银行网点或政府采购领域的指定收缴点，由专管税务机关代缴至地税局。 拓展知识： 综合所得年度汇算清缴的如果出现逾期未汇算清缴的，一般情况下都会处以罚款，罚款基数即为汇款清缴金额，罚款标准是以垫款金额为基数，每天按0.05%计算，垫款金额超过100万元的，按0.07%计收。 应用案例： 2019年6月，一家名为深圳市XX公司的公司经营不善，缴纳个人所得税期限逾期未汇清，未经申请，不符合条件前置审批。因此，这家公司将通过网上汇算清缴的方式，自行完成对应的汇算清缴申报工作，并在纳税期限内完成税款支付。