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总公司和分公司在税收申报时，应分别申报。分公司只需要申报该分公司的税收，而总公司则需要将总公司以及所有分公司的税收申报出来汇总给税务机构。 具体申报过程中，总公司和分公司都需要向税务机关提交各自的应税收入情况以及其他有关税收证明文件。此外，还需要提交用于统计的会计凭证和税务凭证，以及统计记录等内容。 另外，要想保证税务申报正确有效，总公司和分公司需要先行准备好财务会计报表，按照税收法律规定，准确编制，并附上相关证明文件。 一个拓展知识：在申报税收时，企业应当根据税收政策和规定，全面把握税收减免、税种及税率等情况，以便及时向税务机关申报全面准确的税收信息，以免出现税务上的纠纷。