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是的，员工工资专项附加扣除是会在公司申报个税时显示出来的，只不过部分员工没有填写正确，也可能是公司操作错误，导致最终没有正确的显示出来，所以扣除了个税。 系统显示的个税金额是在工资总额上扣除基本养老保险金、医疗保险金、失业保险金和住房公积金之后再减去适当的个人所得税扣除项目（6项工资专附扣除）来计算出来的。比如，若一个员工当月薪资总额为4000元，基本养老保险、医疗保险、失业保险以及住房公积金总共为800元，六项工资扣除总共275元，那么本月这个员工应该交纳的个税就是：4000-800-275=3325 元*20%-666.50=80.50元。