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控制测试与实质性测试的区别体现在以下几个方面：（1）控制测试的内容为内部控制，是定性评价；实质性程序的内容为账户金额，是定量评价。（2）控制测试的目的为评价内部控制有效性；实质性程序的目的是评价账户金额正确性，为发表审计意见提供依据。控制测试与实质性程序的联系体现在：控制测试为实质性程序打基础，控制测试的结果为确定实质性程序的性质、时间和范围提供依据；实质性程序是在控制测试的基础上进行的，实质性程序的程度取决于控制测试的结果。不能完全省略实质性测试程序的主要原因为：（1）内部控制是被审计单位为达到其经营管理目标而设立和实施的，最严格的内部控制也有其本身的固有限制；一是控制成本的限制，即被审计单位往往因考虑成本而牺牲内部控制可能带来的效益；二是人为因素的限制，包括有关人员不理解或错误理解内部控制，相关人员串通舞弊而回避或破坏内部控制等。这些固有限制可能导致会计报表的重要反映失实。（2）内部控制是否真正有效，需要通过执行控制测试程序予以验证，但控制测试只能证实内部控制是否有效和得到了一贯遵守，而不能对会计报表反映的合法性、公允性进行证实。