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有一定的税务风险。由于分公司未在总公司税务局备案，总公司报税时可能会遇到总公司无法确认分公司税款来源、分公司缴纳的税款和应纳税额等情况。在此情况下，总公司可以加强对分公司的稽核工作，进行有效的沟通协商，以减少税务风险。同时，总公司还需要在收入发票、核算账簿和其他重要凭证方面做好有效的把关，确保汇算清缴不被税务机关查获。 拓展知识： 税务风险是指企业在缴纳税款时，由于违反税收规定而造成的相关风险。税务风险分为三类：一是偷报税款、二是少交税款和三是违反税法行为。税务风险的解决办法主要有加强企业内外税务部门的协调配合、提高税务管理水平以及加强企业会计管理等。