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公司收到留抵退税款，应该按照公司内部有关规定进行处理。首先，应根据留抵退税款的来源，与供应商确认是否为有效的留抵退税款，以免受到不必要的损失;其次，应检查公司财务系统是否已经将相应的留抵退税款记录在案；最后，应将留抵退税款核销至应收款账户，以此减少应付税款。 拓展知识：留抵退税款指纳税人购买货物、加工修理修配劳务或者取得服务，在当期内抵扣税额大于实际纳税额时，由税务机关按照纳税人申请，按月结算的税款。