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学员，根据《增值税暂行条例》第三十一条规定：购买增值税普通发票和增值税专用发票所购买的货物、劳务时，计算应纳税额按照各类发票规定的税率征收。您这里说的小规模纳税人代开的增值税专用发票3%的税率，那么可以按3%抵扣。 拓展知识：增值税普通发票和增值税专用发票不仅决定了税率，还有一个区别在于增值税普通发票的货物明细可以按正常税率征税，而增值税专用发票的货物明细可以按照免税或减按税率征税。因此，在缴纳税款时，学员需要根据购买的货物明细分析，判断是采用增值税普通发票还是增值税专用发票，选择不同的税率征缴税款。