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通常情况下，总分机构的企业所得税需要分开申报。具体而言，总公司和分支机构需要各自填写纳税申报表并进行独立的申报。 在中国，总分机构的企业所得税实行的是“分别核算、合并申报”的原则。即总公司和分支机构分别核算应纳税所得额和应纳税额，然后由总公司进行合并申报。这种方式能够更好地反映企业的真实经营情况，也有利于避免出现重复申报或漏报等情况。 值得注意的是，对于跨境总分机构，在国内的分支机构所得到的收益可能存在向总公司上交的情况，这时需要考虑相关税务协定的规定以及国家之间的双重征税协定，尽可能地避免重复征税。