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但是在科技局备案的时候，老师说100%控股的企业属于关联交易不能免税

根据中国税法规定，子公司给母公司做研发服务，属于关联交易，需要按照公允价值进行交易并缴纳税款。如果子公司已经向科技局备案，可以享受研发服务相关的税收优惠政策，但并不一定能够开免税发票。 具体能否开免税发票，需要结合子公司的税务登记情况和经营项目来决定。如果子公司被认定为增值税小规模纳税人增值税纳税人，且其经营项目属于可以享受免税政策的范围，那么可以向主管税务机关申请开具免税发票。如果子公司被认定为一般纳税人或其经营项目不属于可以享受免税政策的范围，那么就需要按照公允价值计算缴纳税款，并向母公司开具相应的发票。 因此，子公司需要先了解自己的税务登记情况和经营项目是否符合免税政策的要求，再向主管税务机关咨询具体操作流程并申请开具免税发票。同时，母公司在接受子公司的研发服务时，也应当按照公允价值确认交易价格，并按照规定缴纳税款。

好的 谢谢老师 我们属于一般纳税人，估计是大概率不能免税

嗯 这个看当地税局要求哦