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根据您提供的信息，小规模公司在“应交税费”科目下已经有了“应交增值税”三级科目。如果您想在“应交税费”科目下再设置一个相同的二级科目“应交增值税”，这样是不符合会计准则和科目设置原则的。 正确的做法是在已有的“应交增值税”三级科目下再设置一个三级科目。例如，可以在“应交增值税”下面再设置一个三级科目“进项税额”、“销项税额”、“已交税金”等三级科目，用于分别核算相关的增值税进项和销项情况，以及已缴纳的税金。 因此，重复设置相同的二级科目是不必要的，正确的做法是在已有的三级科目下进行扩展，以满足您的核算需要。