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根据您提供的情况，B公司负责清关和代缴税费，但是开什么发票给A公司取决于具体的合同和协议。 一般来说，B公司可以向A公司提供一份发票，该发票列明了清关和税费的总金额，并将该金额作为一项服务费用列示。在这种情况下，发票抬头可以是A公司的名称，因为这是B公司向A公司提供的一项服务。 如果A公司和B公司之间有另外的协议或合同，例如双抬头协议，则可以根据协议或合同的规定开具发票。在这种情况下，发票抬头可能包括A公司和B公司的名称，以反映双方在交易中的合作关系。