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对于跨区域项目，如果当期在项目所在地未预缴增值税，而公司全额缴纳了税款，后期可能会受到处罚。根据《中国税收法》第五十三条，非居民企业应当在取得与税务机关签订的定额缴纳义务之前，向税务机关提出申请，按照月度预缴增值税，并将每月应缴税款汇入国家预算。若是没有按照规定进行预缴，将受到处罚。根据《中华人民共和国行政处罚法》，企业违反税收管理规定的，税务机关可以在缴清欠税后，根据本法第四十六条的规定，对该企业处以警告或者罚款，并处以每月超出预缴税额三倍以上五倍以下的罚款。此外，对于有特别严重情节的，还可以按照《中华人民共和国税收征收管理法》第一百二十一条的规定，将其处以没收违约金或者暂扣其财产，直至全额支付责任人应缴税款的额度。 如果要更正申报，可以向税务机关申请办理退税或抵扣税款。