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如果申请留抵退税金额和实际收到金额有差额，需要进行账务处理。具体处理方式如下： 1.计算留抵税额时，需要将应收留抵税额退税款科目和留抵税额退税科目进行记账，分录为：借：应收留抵税额退税款，贷：应交税费—应交增值税—留抵税额退税。 2.收到实际退税后，需要将银行存款科目和应收留抵税额退税款科目进行记账，分录为：借：银行存款，贷：应收留抵税额退税款。 3.如果主管税务机关核准的留抵退税额小于申请的留抵退税额，差额部分也需要用红字冲减，会计分录与不予核准的类同。