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对于公司设施农用地上的自建厂房，需要缴纳土地增值税和房产税。 对于土地增值税，如果该农用地的性质为非耕地，则不需缴纳土地增值税。但是，如果该农用地的性质为耕地或其他更特殊的土地类型（如林地、牧草地等），则可能需要根据相关规定缴纳土地增值税。 对于房产税，根据现行税法规定，企业自用房屋房产税的计算公式为：年应纳税额=房产账面原值×(1-减除比例)×1.2%。此外，企业自建房计算房产税，房产原值是以该房屋的入账价值为计算基数的。