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如果连锁总部的增值税申报表上没有销售收入，那么在填报增值税申报表时，可以将连锁总部的所有进项税额填写在增值税申报表的进项税额栏中，并且将进项税额汇总后填写在进项税额合计栏中。 此外，如果连锁总部向门店提供了服务或者商品，并收取了相应的费用，这些收入也需要在增值税申报表中填报。具体来说，可以将这些收入填写在增值税申报表的“其他业务收入”或者“销售收入”栏中，同时需要填报对应的销项税额。 需要注意的是，如果连锁总部和门店都在同一个纳税地区内，那么连锁总部需要将门店的销售额汇总后填写在增值税申报表中。如果连锁总部和门店在不同的纳税地区内，那么连锁总部需要将门店的销售额分别填写在各自的纳税地区内的增值税申报表中。 最后，如果连锁总部没有销售收入或者销售额很少，可以按照规定进行零申报或者免税申报。但是需要注意的是，如果存在进项税额抵扣的情况，需要在申报表中填报进项税额，以避免产生税务风险。