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根据《中华人民共和国农民专业合作社法》和《中华人民共和国农民专业合作社登记管理条例》的规定，农民专业合作社需要在工商行政管理部门进行注册登记，并在每个会计年度结束后的规定时间内提交年度报告。 因此，如果村集体经济的合作联合社是在工商行政管理部门注册登记的农民专业合作社，那么它需要按照规定提交年度报告。 至于为什么组织部农经办说不用做，可能是对该法规和政策的理解和执行存在差异。建议您可以向当地工商行政管理部门或者农业部门咨询相关政策和规定，以确定是否需要进行年度报告。