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个体工商户通过自然人电子税务局扣缴端办理的经营所得个人所得税，应该是生产经营所得。生产经营所得是个人或个体工商户从事生产、经营活动所获得的净收入，通常是个人或个体工商户在一定时期内获得的所有收入减去所有成本后的余额。 工资薪金所得则是指个人因任职或者受雇而取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或者受雇有关的其他所得。 因此，通过自然人电子税务局扣缴端办理的经营所得个人所得税，应该是生产经营所得，而不是工资薪金所得。