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分公司自行申报增值税并不一定就叫独立核算。独立核算是指对本单位的业务经营活动过程及其成果进行全面、系统的会计核算。对于分公司等分支机构，只要符合独立核算的条件，如：在银行开设结算账户；独立建立账簿，编制财务会计报表；独立计算盈亏等，应单独申报缴纳企业所得税，适用经营所在地的企业所得税税率。而自行申报增值税只是分公司税务处理的一个方面，不能等同于独立核算。 因此，虽然独立核算的分公司需要自行申报增值税，但自行申报增值税的分公司并不一定就是独立核算的。