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是签订了三方（业主方，承租方公司和第三方代付方）协议，约定了由第三方代替公司支付租金，资金流是第三方到业主方，所以发票是否可以业主方直接开给第三方？

根据描述，如果已经签订了三方协议，并约定由第三方代付公司支付租金，且资金流是由第三方到业主方，那么从合同关系和实际操作上来看，业主方应该向承租方公司开具发票。这是因为承租方公司是合同相对方，应当按照合同约定支付租金并取得相应的发票。如果业主方直接向第三方开具发票，可能会违反合同约定，并导致税务问题。因此，建议业主方应该向承租方公司开具发票。

合同约定了是第三方代替承租方支付租金

同学您好， 也行的,这种情况也可以