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出口企业的期末留底税额为10万，免抵退税额为13万，这之间的3万差额存在的原因是：**根据规定，应退税额取期末留底税额和免抵退税额中较小的一个数值**。 出口企业在计算退税时，需要考虑两个重要的概念：期末留底税额和免抵退税额。期末留底税额是指销项税额减去进项税额后的余额，而免抵退税额则是基于出口收入和退税率计算出的数额。当期末留底税额小于免抵退税额时，按照规定，应退税额应当是两者中较小的一个，即期末留底税额。这样做的目的是防止企业通过高额退税而非实际销售来获取利润，避免亏损出口的情况出现。 至于为什么不进行13万的进项认证，关键在于：**外贸企业的进项税用于出口退税时，并不用于内销货物劳务服务的留抵退税**。 外贸企业在处理出口退税业务时，其进项税额是根据国内采购的专用发票或国外采购的增值税缴款书来进行退税的，而不是用作抵扣凭证。这意味着外贸企业不能将这部分进项税额用于内销业务的抵扣。如果进项税已经用于抵扣，那么在出口时就不能再申请退税。因此，即使理论上进项税额可以达到13万，实际操作中也不能全部用于退税，需要根据具体的采购和销售情况来确定最终的退税金额。