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企业所得税汇算清缴时，工资薪金总额基数中不包含工会经费、职工福利费和职工教育经费这三项经费。根据《中华人民共和国企业所得税法实施条例》和《国家税务总局关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》，工资薪金总额是指企业按照股东大会、董事会、薪酬委员会或相关管理机构制订的工资薪金制度规定实际发放给员工的工资薪金。这个总额不包括企业的职工福利费、职工教育经费、工会经费以及养老保险费、医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费和住房公积金。因此，这三项经费并不被计入工资薪金总额基数中。