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在进行个税汇算清缴时，员工的预填信息通常是由员工自己在个人所得税APP或自然人电子税务局的网站上自行完成。企业作为扣缴义务人，其责任是确保员工的税务信息正确无误，并按时申报缴纳税款。 关于年收入不超过12万且需要汇算清缴的纳税人可以免办理个税汇算清缴的规定，这并不意味着企业需要代替员工操作。这个政策是对个人的优惠，符合条件的人可以自行选择是否进行汇算清缴。同样，补税不超过400元的纳税人也可以选择不办理汇算清缴，这也是个人的选择，企业无需代为办理。 如果员工没有下载个税申报App或未进行应做的汇算清缴，企业并没有直接责任。但是，企业有责任提醒员工按时完成个税汇算清缴，以确保企业整体的税务合规性。 企业可以通过自然人电子税务局扣缴端查询员工的申报情况。如果发现员工有应补未补的情况，企业可以提醒员工尽快完成补税