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免征额5000元通常指的是个人所得税的免征额，与实发工资或核定工资有所区别。 免征额5000元并不包含员工个人扣的社保费用和公积金。在计算应纳税所得额时，需要从工资收入中减去起征点（即免征额5000元），然后再减去专项扣除（包括基本养老保险、基本医疗保险、失业保险和住房公积金等）和专项附加扣除（包括子女教育、继续教育、住房贷款利息或住房租金、老年人赡养费和大病医疗费等）。 如果工资为5000元，并且还没有扣除社保和公积金，那么首先需要扣除社保和公积金费用，剩余的部分再与免征额5000元进行比较。由于扣除后的金额可能低于或等于5000元，因此不需要缴纳个人所得税。 如果工资为6000元，同样需要先扣除社保和公积金费用，然后计算应纳税所得额。假设扣除后的金额为5500元，那么应纳税所得额就是5500元减去免征额5000元，即500元。这500元将按照个人所得税的税率表进行计算，得出应缴纳的税额。 免征额5000元是指个人所得税的起征点，与实发工资或核定工资有所区别。在计算应纳税所得额时，需要扣除社保和公积金等费用，并且需要按照税法规定进行计算。