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独立核算和非独立核算的分公司主要有以下区别： 独立核算分公司： 自负盈亏：能独立核算其经营成果，计算损益，对经营活动的过程及结果进行全面、系统的会计核算。 完整的会计体系：有独立的会计账套，有完整的会计凭证、会计账簿和会计报表等。 税收处理：通常自行申报缴纳增值税、所得税等各项税款，与总公司的税务关系相对独立。 非独立核算分公司： 不独立核算经营成果：没有完整的会计核算体系，一般只记录和核算部分业务，经营成果通常要汇总到总公司统一核算。 简单核算：可能仅进行简单的收支记录等。 税收处理：通常增值税由分公司就地预缴，所得税一般由总公司统一汇算清缴，具体根据相关法规和税务机关要求执行。