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旅客运输服务的进项税额不能抵扣主要有以下原因： 一是旅客运输服务的接受对象主要是个人，而不是企业用于生产经营的直接投入，其消费属性更强，与企业的生产经营活动的直接关联度相对较弱。 二是旅客运输服务的提供者众多且分散，征管难度较大。如果允许抵扣，可能会导致一些不规范的抵扣行为，增加税收征管的复杂性和风险。 三是从税收政策的公平性和一致性角度考虑，对旅客运输服务统一规定不允许抵扣进项税额，可以避免不同类型的运输服务在抵扣政策上出现差异，保持税收政策的相对稳定和公平。 在这种情况下，企业需要按照规定先认证抵扣该进项税额，然后再做进项税额转出处理，将其计入相关损益类科目，以准确反映企业的实际费用和税务情况。