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在这种合作方式下，支付天麻菌种款时应将其确认为投资。 虽然天麻菌种可以被视为一种消耗性生物资产，因为它们将用于种植天麻项目并最终可能被消耗或出售。但从合作的角度来看，你公司以天麻菌种出资与对方共同经营项目，且双方按照约定的份额共享收益和承担风险，这更符合投资的性质。 根据会计准则，在共同经营的情况下，各方需要确认其与共同经营中利益份额相关的项目。对于你公司而言，投入的天麻菌种可以看作是对共同经营项目的投资。 在会计处理上，可能需要设置相关科目来记录这笔投资。具体的会计处理方式可以参考《企业会计准则第 2 号——长期股权投资》及其应用指南等规定。