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1.增值税：土地使用权和厂房属于不同的资产类别，但在母公司无偿转让给子公司这种同一集团内的无偿转让行为中，如果符合相关税收优惠政策条件，可能一并享受免征增值税政策。例如，根据《财政部 税务总局关于明确养老机构免征增值税等政策的通知》（财税〔2019〕20 号）等相关政策，符合条件的企业集团内单位之间的资产无偿转让行为可以免征增值税。如果不符合免税条件，对于土地使用权转让和厂房转让，通常分别按照无形资产转让和不动产转让的相关规定计算增值税，但在实际操作中也可能基于整体交易行为进行综合判定。 2.企业所得税：对于土地使用权和厂房的无偿转让，在企业所得税方面一般需要综合考虑。企业所得税的计算通常基于整个资产转让交易对企业应纳税所得额的影响。如果是符合特殊性税务处理条件的同一控制下企业之间的资产无偿划转等情况，可以暂不确认所得，进行递延纳税处理；如果不符合特殊性税务处理条件，则需要按照公允价值确认资产转让所得或损失来计算企业所得税。在计算过程中，虽然土地和厂房分别属于不同类别的资产，但会将其作为一个整体交易的组成部分来综合评估对企业所得税的影响，不一定严格地分别计算。 所以，在母公司无偿转让自建的土地使用权和厂房时，增值税和企业所得税的计算会根据具体情况和相关政策来确定，对于增值税可能分别按照不同资产类型的转让规定进行分析，但企业所得税通常会综合考虑整个交易行为的影响，不一定严格地将土地和厂房分别计算。