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企业为发行权益性证券支付给有关证券承销机构的手续费及佣金不得在税前扣除，主要是因为发行权益性证券（如股票）是企业所有者权益的变动，与企业的损益无关，不应该影响企业所得税。 根据会计准则，发行权益性证券过程中支付的手续费及佣金，要计入所有者权益，冲减资本公积的相关明细科目，应从溢价中扣除。其会计处理为：借记“资本公积—股本溢价”等科目，贷记“银行存款”等科目。 而企业发行债券相关的佣金手续费等，是计入到所发行债券的成本，可以税前扣除。这是因为企业发行债券属于债务性融资，其相关费用的处理方式与权益性证券不同。 具体规定可参考《财政部、国家税务总局关于企业手续费及佣金支出税前扣除政策的通知》（财税〔2009〕29 号）：企业发生与生产经营有关的手续费及佣金支出，不超过规定计算限额以内的部分，准予扣除；超过部分，不得扣除。其中，企业为发行权益性证券支付给有关证券承销机构的手续费及佣金不得在税前扣除。企业应与具有合法经营资格中介服务企业或个人签订代办协议或合同，并按国家有关规定支付手续费及佣金。除委托个人代理外，企业以现金等非转账方式支付的手续费及佣金不得在税前扣除。