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一张发票对应两张报关单，可参考以下步骤进行处理： 1. 确认发票和报关单信息：仔细核对发票和报关单上的货物名称、数量、金额等关键信息，确保两者一致。 2. 申请出口退税：按照相关规定，将其中一张报关单与对应的发票信息提交给税务部门，申请出口退税。 3. 记录已申请退税的报关单和发票：在自己的财务记录中，明确标记已申请退税的报关单和发票，以便后续跟踪和管理。 4. 等待出口和申报：在剩余的货物出口后，获取对应的报关单。 5. 再次申请出口退税：将新的报关单与之前未申请退税的发票部分进行匹配，再次向税务部门申请出口退税。 6. 保留相关文件和记录：妥善保存所有与出口退税相关的文件和记录，包括发票、报关单、申请表等，以备税务部门审查。