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这种情况存在一定的风险和不合规性。 通常情况下，合同的签订方应当与发票的开具方和款项的收付方保持一致。如果您公司与对方签订协议，但由下属合作社开票并通过您公司代收代付费用，可能会导致以下问题： 1.税务风险：可能引起税务机关对交易真实性和发票合规性的质疑。 2.合同履行风险：可能导致合同履行过程中的责任不清晰，一旦出现纠纷，难以明确各方的权利和义务。