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我们总公司那边的财务是根据总公司的利润来算所得税的，分公司的利润是亏损的，他没有汇总总分公司的利润来算应纳税所得额，这样做是不是不对啊

按照一般会计准则和税法规定，总公司与分公司之间的业务活动应该合并计算，得出总的应纳税所得额来计算企业所得税。如果分公司亏损，其亏损可以在集团层面进行抵减，有助于降低整体税负。所以，如果财务未将总分公司利润合并计算，可能存在税务合规性问题。建议检查是否符合当地税务规定，必要时咨询专业税务顾问。

那总公司要把分公司的业务发票等账目做进总公司吗？还是分公司这边做好账后把分公司的利润报给总公司，总公司再根据总分公司的利润总额来计算所得税？

一般来说，总分公司间的业务往来需要通过合并报表反映，即总公司应当将分公司的业务纳入其财务报表中。这样既能准确反映集团的整体经营状况，也有助于正确计算企业所得税。所以，通常情况下，是总公司需要把分公司的业务发票等账目整合到自己的账目中，而不是只接收分公司的利润数据。这样做有助于遵循财务报告的完整性原则和税法要求。

分公司的业务发票给总公司做到账里，这样总公司的收入和费用、利润就不只是总公司的数据了，财务报表的利润表收入也就跟增值税申报表的收入不一致了吧，这样也行？

是的，当分公司业务发票并入总公司的账目时，总公司的财务报表（如利润表）中的收入、费用和利润将包括分公司的数据。这在合并报表制度下是常见的做法，可以真实反映集团的整体经济活动。至于与增值税申报表的收入不一致，这是可能的，因为增值税关注的是特定期间内的增值部分，而财务报表则反映了整个会计期间的全部收入和费用。两者虽然不完全一致，但都是基于不同的会计准则和目的编制的，分别服务于不同的税务和管理需求。