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那6月份的不能填到期初里吗？我们企业是9月份才有了收入，税局给做了农产品核定扣除企业。所以申报时，6月份数据还没有使用呢。

6月份的农产品如果当月全部领用并生产入库，那么在6月末这些玉米已经转化为产成品（玉米片），因此6月末的玉米片数量应作为期初数量填入下一期（如7月初）。6月份购入且当月全部领用的玉米不应再作为期初数量重复计算。根据你描述的情况，6月份的玉米已不在库存，因此在填写9月份申报表时，6月份数据无需再考虑。期初数量应填7月初或9月初库存的实际剩余数量。如果有具体结转情况，请按实际库存情况调整。

初耗用农产品数量，这里的农产品指的是原料玉米吧？

如果指的是玉米原料，6月份都领用完了，9月份又没有购进，那期初耗用农产品数量 填0 ，本期购时也为0 ；那6月份的抵扣不了了吗？

这里的农产品确实指原料玉米。如果6月份的玉米都领用了，9月份没有新购入，那么期初耗用农产品数量和本期购入数量都可以填0。但请注意，即使如此，6月份使用的玉米在领用时已经进行了进项税额的抵扣，只要当时有合规的抵扣凭证，这部分抵扣不会失效。请检查当时的账目记录以确认抵扣情况。如有疑问，可进一步核对相关凭证。

你说得对，这里的农产品指的是原料玉米。如果6月份的玉米都领用了，9月份没有新购入，那么期初耗用农产品数量和本期购入数量都可以填0。但6月份使用的玉米在领用时已经进行了进项税额的抵扣，只要当时有合规的抵扣凭证，这部分抵扣是不会失效的。请检查当时的账目记录以确认抵扣情况。如有疑问，可以进一步核对相关凭证。

，6月份使用的玉米在领用时没有进行过抵扣，因为9月份才有了第一笔收入。就是6月份生产完一直到9月份才开始销售的。那这6月份的这部分怎么抵扣呢？

6月份使用的玉米在领用时未抵扣是因为没有销售收入。这种情况下，可以在6月份的账务处理中，按照规定进行进项税额的抵扣。即使9月份才有销售收入，6月份领用的玉米对应的进项税额仍然可以抵扣。请核实6月份的进项税额，并在当期进行相应的会计和税务处理。如有特殊情况，建议咨询专业税务顾问。