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如果合同中明确列明了运输费的价格，既可以选择将运费单独开一列，也可以包含在商品价格中一起开具发票，但两种方式各有优缺点。 一、单独开具运费发票 优点： 会计核算清晰：单独开具运费发票可以使商品销售价格和运费分别在账务处理中清晰体现，便于成本核算和财务分析。 税务处理明确：运费单独开具发票时，其适用的税率可能与商品销售的税率不同。如果运费适用的税率较低，可以降低企业的税负。例如，货物销售适用 13% 的税率，而运输服务可能适用 9% 的税率。 缺点： 发票管理复杂：需要分别开具商品销售发票和运费发票，增加了发票管理的工作量。同时，可能需要分别与客户沟通发票的开具和交付事宜。 可能引起客户疑虑：客户可能对分别开具的发票产生疑问，需要企业进行解释和说明。 二、将运费包含在商品价格中一起开具发票 优点： 操作简便：只需要开具一张发票，减少了发票管理的工作量和与客户沟通的成本。 避免客户疑虑：客户收到一张包含商品价格和运费的发票，无需对不同的发票进行核对和理解，减少了客户的疑虑。 缺点： 会计核算不清晰：运费和商品价格混合在一起，不利于准确核算商品的销售成本和运输成本。 税务风险：如果运费占比较大，可能导致商品销售价格虚高，从而增加企业的税负。同时，如果税务机关对发票内容进行审查，可能会要求企业对运费和商品价格进行拆分说明。