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我能从每个月工资他的工资扣吧

如果指的是从员工的工资中扣除个人所得税，这是标准做法。公司需要按照国家规定的税率从员工工资中扣除个人所得税，并按时代缴给税务机关。这部分税款不应计入公司的费用，而是作为代扣代缴的税收处理。

我意思是他的分红个税，公司先帮他交了，40万，但他每个月有2万工资，我想以后每个月都扣不发工资给他了（这部分工资也是扣了工资个税社保的工资），在用来抵他个分红的个税

如果公司已经代缴了股东的分红个税，而想通过减少其工资发放来抵扣这部分税费，这种做法在会计和税务处理上需要谨慎操作。理论上，工资和分红是两个不同性质的收入，各自有不同的税务处理方式。你可以将已代缴的个税记为股东应付款项，然后通过减少发放的工资逐步抵消这个应付款项。但务必保证所有操作符合税务法规，并在会计记录中清晰反映这一处理过程。同时，建议与股东明确沟通此安排，确保双方理解并同意。