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增值税方面 一般情况下，农业合作社收到的与农业生产、销售农产品直接相关的补贴，如农产品种植补贴、养殖补贴等，通常不需要缴纳增值税。因为这些补贴不属于增值税应税行为产生的收入。 但如果补贴是与增值税应税货物或应税行为（非农业相关的经营活动）有关，可能需要缴纳增值税。例如，合作社收到一笔用于农产品加工后非免税产品销售环节的补贴，且该补贴与加工销售应税产品的收入挂钩，这部分补贴可能需要缴纳增值税。 企业所得税方面 对于符合规定的财政性补贴，可作为不征税收入。根据相关规定，企业从县级以上各级人民政府财政部门及其他部门取得的应计入收入总额的财政性资金，若同时符合以下条件，可以作为不征税收入：一是企业能够提供规定资金专项用途的资金拨付文件；二是财政部门或其他拨付资金的政府部门对该资金有专门的资金管理办法；三是企业对该资金以及以该资金发生的支出单独进行核算。 不过，不征税收入用于支出所形成的费用，不得在计算应纳税所得额时扣除；用于支出所形成的资产，其计算的折旧、摊销不得在计算应纳税所得额时扣除。如果不符合上述不征税收入条件，或者合作社选择不将补贴作为不征税收入处理，那么补贴收入通常需要计入应税所得，缴纳企业所得税。