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销售自产的水稻种子是免征增值税的。因为种子属于农业生产资料，对农业生产者销售的自产农产品免征增值税政策涵盖了种子销售，这是为了支持农业生产。 小规模纳税人和一般纳税人的区别 增值税税率 / 征收率方面 小规模纳税人：如果放弃免税，适用 3% 的征收率（目前在税收优惠政策下，可能有减按 1% 等征收率的情况）。不过在销售种子免税的情况下，一般按免税开票，不涉及征收率。 一般纳税人：若符合免税条件也是免税开票；但如果不符合免税政策（如购进种子再销售且没有免税政策支持），适用 9% 的增值税税率。 发票使用方面 小规模纳税人：通常使用增值税普通发票，如需开具增值税专用发票，需要到税务机关代开（部分行业小规模纳税人可自行开具专票）。在销售种子免税时，开具免税的普通发票，发票上税率栏标注 “免税” 字样。 一般纳税人：可以自行开具增值税专用发票和普通发票。免税销售种子时，普通发票税率栏也是标注 “免税”；在不免税的情况下，按照适用税率开具发票。 税收申报和核算方面 小规模纳税人：增值税申报相对简单，一般按季度申报，主要填写销售额等相关信息，对于免税销售额也有专门的栏次填写。核算要求相对较低，重点关注销售额和减免税情况。 一般纳税人：需要按月进行增值税申报，申报内容较为复杂，包括销项税额、进项税额等详细信息。对于免税项目，要准确划分免税和应税销售额对应的进项税额，核算要求严格，因为其对税收筹划、成本控制等方面要求更高，以准确计算应纳税额。