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还有个人代开的农产品发票，也可以手动输入票号，进行勾选吗？

业务都是真实的，只是该公司增值税税负一直很低，不晓得突然勾选了，会不会税务来找茬？

若确定为农产品发票，根据农产品发票类型，勾选操作步骤如下： 　　①如发票为税控开具的自产农产品销售发票，需到税务数字账户-发票勾选确认-抵扣类勾选-待处理农产品发票-“自产农产品销售发票”模块功能处理后进行勾选；如果是电票平台开具的自产农产品销售发票，则该发票直接在【抵扣类勾选】的“抵扣勾选”模块勾选，无需确认。 　　②如发票为从小规模处购进的3%农产品专票，需先到【税务数字账户】-【发票勾选确认】-【抵扣类勾选】-【待处理农产品发票】-“—【从小规模处取得3%农产品专票】—选择【按票面金额和基础扣除率计算抵扣】”模块功能处理后，再到【抵扣勾选】模块对发票进行勾选。 　　③如发票为税务机关代开开具的农产品发票，那么【抵扣勾选】—【发票】—【代开农产品发票录入】进行补录后，再到【抵扣勾选】模块对发票进行勾选。 　　（4）如发票为农产品收购发票、从一般纳税人处取得的9%农产品专用发票，则在【抵扣类勾选】的“抵扣勾选”模块勾选。

老师，业务都是真实的，只是该公司增值税税负一直很低，不晓得突然勾选了，会不会税务来找茬？

真实的发票就可以勾选抵扣的。没问题的