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分公司开出发票，对方打款打到总公司，这种情况最终会出现三角债务关系，所以最好的办法是让总公司将款退回，让对方重新打款到分公司的账上，否则对方账户上也要挂有分公司和总公司的帐。 另一可行办法就是出一份三方收款证明，总公司和分公司挂往来帐。具体如下： 分公司开票挂客户应收，做 借：应收账款-XX 贷：主营业务收入 应交税费-应交增值税(销项税额) 当客户打款到总公司时，分公司做 借：其他应付款-内部往来 贷：应收账款-XX 总公司做 借：银行存款 贷：其他应收款-内部往来 分公司分录：借：应收账款-购买方 贷：主营业务收入 应交税费-应交增值税 借：其他应收款—总公司 贷：应收账款-购买方 总公司：借：银行存款 贷：其他应付款—分公司 付款时 借：其他应付款—分公司 贷：银行存款