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子公司可以申请软件著作权，也可以销售给母公司。 根据《中华人民共和国著作权法》，计算机软件属于智力成果，所以无论子公司和母公司是否独立法人，都可以对其开发的软件申请软件著作权。 子公司可以授权母公司使用其软件著作权，需要签署一个协议，母公司有义务按照协议使用该软件著作权，如果母公司需要转让或出租该软件著作权，需经过子公司同意并支付费用