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橡胶制造业在申报增值税时，出售13税率的农产品扣除率应该选择13%。 《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》（财税〔2012〕38号印发）规定，农产品增值税进项税额扣除率为销售货物的适用税率。根据《财政部、税务总局、海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》（39号公告），增值税一般纳税人发生增值税应税销售行为或者进口货物，原适用16%税率的，税率调整为13%；原适用10%税率的，税率调整为9%。上述规定自2019年4月1日起执行。因此，2019年4月1日以后，橡胶制造业出售的农产品如果适用增值税税率为13%，则对应的扣除率为13%。