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根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》及其实施细则的规定，房地产开发公司在土地增值税清算时，可以按照实际支付的金额扣除相关的成本费用。这些成本费用包括取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本、房地产开发费用、与转让房地产有关的税金以及其他扣除项目。 在清算过程中，如果房地产开发公司未一并主张违约金及罚款，那么这些违约金和罚款不应该被纳入土地增值税的扣除范围。因此，土地增值税清算时的扣除应该按照实际支付的金额来进行，而不是减去应该主张而未实际主张的违约金和罚款后的余额。 如果房地产开发公司在销售过程中发生了违约行为，需要支付违约金或罚款，那么这些费用应该被视为与销售有关的费用，而不是与取得土地使用权或房地产开发成本等直接相关的费用。因此，这些费用也不应该被纳入土地增值税的扣除范围。