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在涉及员工与总公司签订合同但在分公司工作的情况时，员工的在职职工人数归属通常取决于具体的合同条款和公司内部的管理规定。一般情况下，如果员工与总公司签订合同，那么该员工应被视为总公司的职工，无论其在哪个分公司工作。因此，在统计总公司的在职职工人数时，应包括这些员工。 至于分公司在申报残疾人保证金时是否包括总公司派遣的员工人数，这取决于具体的法规和政策。在中国，残疾人保证金的计算和缴纳通常遵循《中华人民共和国残疾人就业保障金管理暂行规定》等相关法规。根据这些规定，用人单位（包括总公司和分公司）需要按照其在职职工人数的一定比例缴纳残疾人就业保障金。因此，如果总公司派遣的员工在分公司工作，并且被纳入分公司的在职职工人数统计中，那么这些员工也应包括在分公司申报残疾人保证金的在职职工人数中。