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在非货币性资产交换中，选择使用换入资产的公允价值而不是换出资产的账面价值，通常是基于特定的条件和会计准则的规定。 根据会计准则，在以公允价值为基础计量的非货币性资产交换中，如果有确凿证据表明换入资产的公允价值更加可靠，那么就应当以换入资产的公允价值和应支付的相关税费为基础确定换入资产的成本。 虽然乙公司自身可能没有公允价值，但在该项非货币性资产交换中，可能存在一些情况使得换入资产的公允价值能够被更可靠地确定。例如，换入资产存在活跃市场，其市场价格更容易获取和确定；或者虽然乙公司自身资产的公允价值难以直接确定，但通过与其他类似资产的比较或采用特定的估值技术等，能够相对更可靠地确定换入资产的公允价值。 从你提供的公司业务情况来看，存在一些不规范和可能涉及风险的操作。通过乙公司进行开票和资金中转的方式可能引起税务机关的关注和质疑，带来税务风险。为了确保公司的合规运营和避免潜在风险，建议尽量规范业务流程，使交易直接在相关公司之间进行，按照正常的商业和税务规定进行操作，保留完整、准确的交易记录和相关凭证，以证明业务的真实性和合法性。