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对于质量保证金，建筑企业按照工程总价款开具了发票，所以选项 D 正确： 在计算土地增值税时，如果建筑安装施工企业就质量保证金对房地产开发企业开具了发票，那么这部分质量保证金可以在计算土地增值税时予以扣除。因为发票是合法的扣除凭证，证明了这部分费用的实际发生和与房地产开发项目的关联性。 2019 年 7 月该项目竣工验收，2020 年 12 月底已销售的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例为 90%（即 40500÷45000 = 90%），其符合税务机关要求纳税人进行土地增值税清算规定比例的 85% 以上，所以选项 A 正确： 税务机关通常会规定一个已销售房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例标准，当达到这个标准时，纳税人需要进行土地增值税清算。这里 90% 的比例超过了规定的 85% 以上的标准，所以符合清算条件，选项 A 正确。